O'yin dizayneri Tomas Anderson "Matrix" trilogiyasi bilan o'z nomini yaratdi. Uning atrofidagi dunyo vaqti-vaqti bilan barbod bo'lib, uning asl mohiyatini ochib bersa-da, sobiq Neo muntazam ravishda psixoterapevtga tashrif buyuradi, tabletkalarni oladi va bularning barchasi uning tasavvuridagi o'yin ekanligiga amalda o'zini ishontiradi. Ammo bir kuni uning oldiga xaker Bugs chiqadi va yana oq quyonga ergashishni taklif qiladi.